前作『銀河旋風ブライガー』のラストで語られたカーメン・カーメンによる大アトゥーム計画(木星爆破による新惑星の大量創造)から600年、時代は28世紀を迎えていた。人類は地球軌道上に35の植民惑星を築いて移り住み、星々は太陽系管理機構ドメスチック・バクーフ(モデルは幕府)によって統治されていた。 しかし、メリーカ(モデルはアメリカ)・エンゲーレス(モデルはイギリス)・ランス(モデルはフランス)等の外宇宙艦隊(異星人)との接触をきっかけにバクーフ統治体制の弱体化が露見、ロングー(モデルは長州藩)・ゴワハンド(モデルは薩摩藩)・トルサ(モデルは土佐藩)等の反体制派の惑星が台頭するなど、太陽系は混迷を極めていた。 そんなある日、伝説のJ9に憧れるドン・コンドールらは、太陽系で一旗上げるべく仲間達と共に「銀河烈風隊」を結成する。銀河烈風隊は、バクーフのリーダーである総将軍アーウィン14世の護衛を務めたのをきっかけに、バクーフ特別警備隊に組み込まれ、闇の武器商人スリーJから手に入れた巨大ロボット・バクシンガーを駆り、反バクーフ勢力と戦う事になる。
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